Struktur organisasi HAPSARI terdiri dari Kongres, Dewan Perwakilan Anggota (DPA), Dewan Pelaksana Harian (DPH) dan Komunitas Perempuan yang merupakan anggota HAPSARI.
Kongres dilaksanakan setiap lima tahun sekali, dihadiri oleh perwakilan Komunitas Perempuan Anggota HAPSARI. Kongres memilih DPA yang akan menjalankan fungsi kepengurusan, sebagai Dewan Pengurus, fungsi kepengawasan sebagai Dewan Pengawas, dan untuk melaksanakan mandat Kongres, DPA juga membentuk Dewan Pelaksana Harian, dipimpin oleh Ketua Pelaksana Harian yang bekerja mengurus organisasi dan melayani kepentingan anggota.
DPA HAPSARI Periode 2023 – 2028 adalah:
Dewan Pengurus:
Ketua : Asriyanti
Sekretaris : Istuti Leili Lubis
Dewan Pengawas:
Ketua : Juwairiah
Anggota : Warih Wahyuningtyas, Ari Purjantati
Dewan Pelaksana Harian:
Ketua : Sri Rahayu
Sekretaris : Erwita Poetri Annisa
Bendahara : Suindrawati
Anggota : Tugiana, Florida Susan, Rubini.