Struktur organisasi HAPSARI menjunjung alur struktur organisasi yang demokratis, dimana pengambilan keputusan tertinggi dan pertanggungjawaban dilakukan melalui Rapat Anggota yang disebut Kongres. Struktur Organisasi HAPSARI terdiri dari Kongres, Dewan Perwakilan Anggota (DPA) dan Komunitas Perempuan yang menjadi Anggota HAPSARI.
DPA membagi peran untuk menjalankan fungsi kepengawasan sebagai Dewan Pengawas dan fungsi kepengurusan sebagai Dewan Pengurus. Dan untuk melaksanakan mandat Kongres, DPA membentuk Dewan Pelaksana Harian, dipimpin oleh Ketua Pelaksana Harian yang bekerja mengurus organisasi dan melayani kepentingan anggota.
Dewan Perwakilan Anggota (DPA) HAPSARI periode 2018 – 2023 adalah sebagai berikut:
Dewan Pengurus :
Ketua : Asriyanti
Sekretaris : Istuti Leili Lubis
Bendahara : Suindrawati
Dewan Pelaksana Harian :
Ketua Pelaksana Harian : Sri Rahayu
Sekretaris Pelaksana Harian : Erwita Poetri Annisa
Pelaksana Harian : (1) Tugiana, (2) Rubini, (3) Florida Susan
Dewan Pengawas :
Ketua : Juwariah
Anggota : (1) Warih Wahyuningtyas, (2) Ari Purjantati
Pada Kongres VI HAPSARI (Agustus 2023) Dewan Pengurus mengangkat individu-individu yang mempunyai pengalaman dan keahlian dibidangnya masing-masing, untuk memperkuat organisasi dan program HAPSARI. Mereka disebut Dewan Ahli yang bekerja membantu Dewan Pelaksana Harian atas penugasan dari Dewan Pengurus dan bertanggungjawab kepada Dewan Pengurus.
Dewan Ahli :
Ketua : Laili Zailani (Bidang Organisasi dan Kepemimpinan)
Anggota : (1) Hairani Siregar (Bidang Kesos dan GESI), (2)Riani (Bidang Pengorganisasian), (3) Henny Rahayu (Bidang Pengorganisasian dan Advokasi), (4) Rusmawati (Bidang Pendampingan Tata Kelola Pemerintahan Desa), (5) Rurita Ningrum (Bidang Analisis Anggaran), (6) Devita Mesayu (Bidang Kemitraan).***